울산광역시 강북교육청에서는 울산 중구 서동 311번지 병영초등학교 내 다목적교실 신축예정부지 1,000㎡에 대하여 우리 연구원에 문화재 시굴조사를 의뢰하였다. 앞서 울산 병영초등학교의 다목적교실 건립을 위하여 선정된 서동 262번지의 대상부지에 대하여 2002년 6월부터 10월까지 울산문화재연구원에서 발굴조사를 실시한 바 있다.
그 결과 병영성 내의 관아와 객사로 출입하던 진해루와 관련부속시설이 확인되어 지도위원회를 거쳐 문화재청에서 보존하기로 결정되어 다목적교실 건립이 무산되었다. 이후 병영초등학교와 울산광역시 강북교육청은 여러 차례의 부지 선정을 모색하다가 최종적으로 교내에서 유적의 분포 가능성이 가장 낮은 것으로 추정되는 운동장 서쪽 부지를 새로이 선정하게 되었다.
이에 사업시행자인 울산광역시 강북교육청은 제2008-869호(2008.12.03.)로 허가를 받아 우리 연구원에 시굴조사를 의뢰하였고, 우리 연구원에서는 문화재보호법 제55조에 의거하여 시굴조사를 실시하였다. 새로 선정된 다목적교실 대상부지에 대한 시굴조사는 2009년 1월 19일부터 1월 31일까지 이루어졌다. 1,000㎡의 범위 중에서 서쪽(4Tr)과 북쪽부분(5Tr)에서는 생토층까지 교란되거나 유구가 없는 것으로 확인되었고, 동남쪽부분에서 건물지와 관련 유구가 확인되었다.(도면 5, 도판 2) 이에 유구가 분포하는 600㎡의 범위에 대하여 문화재청의 연장허가를 거쳐 발굴조사를 실시하게 되었다.
 발굴조사는 2009년 3월 19일부터 5월 21일까지 실시하였으며, 하층에서 건물지 1개소와 구상유구 2기, 상층에서 건물지 3개소와 적석유구 1기가 확인되었다. 그리고 2009년 4월 23일에 지도위원회를 개최하여 건물지의 보존의견이 제시되었고, 이에 문화재청에서는 발굴조사 후 건물지는 보존하고 상부에는 예정된 다목적교실을 건설토록 조치하였다.