울산 남창·합수유적에 대한 발굴조사는 부산-울산간 고속도로 건설구간 공사에 따른 구제발굴로 이루어졌다 한국도로공사 부산-울산간건설사무소에서 부산-울산간 고속도로 건설을 계획하면서 공사구간에 대한 지표조사를 실시하였다. 창원대학교박물관에서는 부산~울산구간에 대한 1998년과 2002년 두 차례에 걸쳐 지표조사를 실시하였으며, 그 결과 남창·합수유적을 비롯해 총 22개 유적에 시·발굴조사를 실시하여야 한다는 의견이 제시되었다.

남창·합수유적에 대한 시굴조사는 2004년 7월 1일부터 7월 30일까지 실시하였으며, 남창유적은 조사지역 경계 부분에 성토된 일부 지역에 대해 2004년 8월 25일부터 9월 4일까지 보완조사를 실시하였다. 조사결과 남창유적에서는 청동기시대 주거지가 다수 확인되었으며, 합수유적에서는 조신시대 건물지 등이 확인되었다. 따라서 시굴조사에서 유구가 확인된 지역에 대해 발굴조사를 실시하였다.

발굴조사는 2005년 3월 28일부터 2005년 6월 20일까지 남창유적 3,790㎡, 합수유적 1,627㎡에 실시하였다. 유적은 남창유적가 합수유적으로 구분하였으며, 유구번호는 유적별로 부여하였다.

발굴조사 결과 남창·합수유적에서 청동기시대~조시시대에 걸친 다양한 유구가 확인되었다. 남창유적에서는 청동기시대 주거지 22동, 조선시대 묘 2기가 조사되었으며, 합수유적에서는 청동기시대 주거지 6동을 비롯하여 삼국시대 석실 1기, 조선시대 건물지 1동, 석열 2기, 구 1기, 매납유구 1기, 적심 1기, 수형 1기가 조사되었다.