울산왜성 본환 동문지 발굴조사에서는 2개의 문화층이 확인되는데 정유재란 당시 문화층과 그 이후 문화층으로 구분된다. 1문화층에서는 정면 1칸, 측면 1칸의 건물지와 잡석을 이용한 기초 다짐 층이 확인된다. 이 건물은 정유재란 직후 廟宇 또는 壯邊亭 건립과 관련한 기초 시설일 가능성이 있으며 입지 여건상 조망용 건축물일 가능성이 높다.

2문화층에서 확인된 유구들은 정유재란 당시 울산왜성의 본환 동문지 시설로 확돌, 석렬, 노대 등이 확인되었다. 울산왜성은 주변의 3성의 성돌을 허물어 쌓은 성이며, 본환 동문지의 구조는 이층문으로 기와를 얹은 것으로 기록되어 있으며 발굴조사에서도 15~16세기에 제작된 기와가 다량으로 출토되었다. 동문지 확돌로 병마절도사의 선정비가 사용되었는데 이는 기록에서 보듯이 주변 건축물 부재를 재사용하여 울산왜성을 축조한 사실을 입증할 수 있었다. 이번 조사를 통해 울산왜성 본환 동문지의 하부 구조 관련 시설과 문지의 규모 등이 밝혀졌고 성벽 기저부 트렌치 조사에서도 우각부를 비롯한 성벽을 우흠한 흔적이 확인되었다. 다만 한정된 범위에 대한 발굴조사만 이루어졌으므로 문지 구조와 관련한 이층문 설치 여부는 건축학적 검토가 더 필요한 것으로 판단된다.